TKJ4205 - Molekylmodellering

Fra Nanowiki
(Omdirigert fra TKJ4205)
Hopp til: navigasjon, søk

Fakta X Y

  • Foreleser: Per-Olof Åstrand (høst 2011)
  • Stud-ass:
  • Vurderingsform: Skriftlig eksamen, teller 100%
  • Eksamensdato: Se NTNUs emnebeskrivelse
  • Pensumlitteratur: Se tekst

Øvingsopplegg høst 2011

  • Obligatoriske, beregninger på datamaskin

Kort om faget

Emnet introduserer beregningsmetoder basert på molekylær kvantemekanikk, statistisk mekanikk og informatikk, med fokus på molekylære systemer. Molekylær modellerng er potensielt svært nyttig innen veldig mange nanoteknologiske grener, og kan raskt bli enda viktigere i årene framover. Dette ettersom feltet er i konstant utvikling og spesielt dersom tilgjengelig beregningskraft fortsetter å forbedre seg. Tilgjengelig beregningskraft er som oftest begrensningen for molekylær modellering per i dag.

Feltene som ble forelest da kurset gikk høsten 2011, var

  • 1. Basic concepts in molecular modelling
  • 2. Molecular quantum mechanics
  • 3. Advanced quantum chemistry (Hartree-Fock, Density-Functional Theory, ...)
  • 4. Molecular mechanics (kraftfeltsmetoder)
  • 5. Energy minimizations
  • 6-8. Simulations (Molekylær dynamikk og Monte-Carlo-simuleringer)
  • 9. Conformational analysis
  • 10. Proteins
  • 11. Free energy simulations and solvent effects
  • 12. Chemoinformatics

Forelesningene blir presentert veldig ryddig (på engelsk), og foreleser er kunnskapsrik og interessert. Kompakte og oversiktlige forelesningsfoiler legges ut på it's learning etter hvert som de blir holdt, og disse definerer pensum. I og med at kun ca 15 studenter (høst 2011) tar faget, blir det nær kontakt mellom studenter og foreleser med alle muligheter til å diskutere pensum med foreleser. Emnet følger boka "Molecular Modelling: Principles and Applications" nokså tett. Det anbefales å lese i denne fra tidlig i semesteret, for å få dypere innsikt og flere knagger å henge kunnskapen på. Boka er god å lese, men den inneholder imidlertid noen få feil.

I obligatoriske øvinger får man prøve å gjøre beregninger som beskrevet i pensum på NTNUs superdatamaskiner. Øvingene legges ut på it's learning og man får hjelp på datasal 4 timer i uka av vitass. som er veldig behjelpelig og som man også kan kontakte utenom saltid.

Fra og med høsten 2011 ble eksamen i emnet gitt som skriftlig eksamen, tellende 100%, der alle hjelpemidler er tillatt (før var det prosjektbasert). Eksamen høsten 2011 inneholdt ikke beregninger, men oppgaver mer i "essay"-form. Det som vektlegges er oversikt i faget, og dersom man har god oversikt, vet man hvor man skal slå opp i boka / forelesningene. Jobber man derfor seriøst med emnet, gjør man en bra eksamen.

Eksterne linker