Avdekking av proteinstruktur

(siden er under konstruksjon - om noen skulle lure på det)

Denne artikkelen er en del av litteraturprosjektet "Solving 3D structure of proteins, relation to nanotechnology" i emnet TFY4335 - Bionanovitenskap.

Introduksjon

bakgrunn, historie

Hva menes med proteinstruktur?

Strukturen til proteiner blir gjerne inndelt i primær-, sekundær-, tertiær- og kvartærstruktur. Dette svarer henholdsvis til proteinets aminosyresekvens, repetitive konformasjoner utgjort av proteinets ryggrad, proteinets tre-dimensjonale atomstruktur og individuelle peptidkjeders orientering i forhold til hverandre <ref name="proteinstruktur"> P. Y. Bruice
Essential Organic Chemistry, Pearson Education Inc. 2006, pp. 448-456.</ref>. I denne artikkelen fokuseres det på proteiners tre-dimensjonale atomstruktur, og avdekking av disse. Her vil derfor begrepet proteinstruktur bli brukt synonymt med en tre-dimensjonal atommodell av proteinet.

Allerede kjente strukturer - The Protein Databank (PDB)

Protein databanken er en internasjonal databank bygget opp av forskere fra hele verden. Databanken oppdateres kontinuerlig, og inneholder nå strukturelle data for over 56000 proteiner og andre makromolekyler<ref name="pdb"> pdb: informasjon om pdb og databank for molekylene. www.pdb.org</ref>. Alle som ønsker data har gratis tilgang til databanken, men man må ha programvare for å analysere dataene. Dataene ligger lagret som x-, y-, z-koordinater og annen relevant informasjon om de ulike atomene. Denne informasjonen kan for eksempel være konformasjoner for aminosyrene, eller hvilke molekyler de ulike atomene tilhører hvis strukturen består av flere molekyler. Ved hjelp av et dataprogram kan en dermed kikke nærmere ulike deler av strukturen en studerer og få en bedre forståelse av denne. Eksempler på dataprogram som kan lese filer fra PDB er StarBiochem <ref name="StarBiochem"> StarBiochem: applikasjon som viser molekyler fra PDB. http://web.mit.edu/star/biochem/</ref> og Jmol<ref name="jmol"> Jmol: et open-source Java program for kjemiske strukturer i 3D. http://www.jmol.org/ </ref>.

Strukturbestemmelsesmetoder

(hvilke er de mest brukte metoder)

(nevne kjapt metoder som ikke gjennomgås her)

Relevante sider

• zzz
• zzz

Lenker

• [zzz]

Kilder

<references/>