Forskjell mellom versjoner av «Avdekking av proteinstruktur»
(→Allerede kjente strukturer - The Protein Databank (PDB)) |
(→Allerede kjente strukturer - The Protein Databank (PDB)) |
||
| Linje 12: | Linje 12: | ||
== Allerede kjente strukturer - The Protein Databank (PDB) == |
== Allerede kjente strukturer - The Protein Databank (PDB) == |
||
| − | Protein databanken er en internasjonal databank bygget opp av forskere fra hele verden. Databanken inneholder strukturelle data for over 56000 proteiner og andre makromolekyler<ref name="pdb"> www.pdb.org</ref> |
+ | Protein databanken er en internasjonal databank bygget opp av forskere fra hele verden. Databanken oppdateres kontinuerlig, og inneholder nå strukturelle data for over 56000 proteiner og andre makromolekyler<ref name="pdb"> pdb: informasjon om pdb og databank for molekylene. www.pdb.org</ref>. Alle som ønsker data har gratis tilgang til databanken, men man må ha programvare for å analysere dataene. Dataene ligger lagret som x-, y-, z-koordinater og annen relevant informasjon om de ulike atomene. Dette kan for eksempel være konformasjoner for de ulike aminosyrene, eller hvilke molekyler de ulike atomene tilhører hvis strukturen består av flere molekyler. Ved hjelp av et dataprogram kan en dermed kikke nærmere ulike deler av strukturen en studerer og få en dypere forståelse av denne. Eksempler på dataprogram som kan lese filer fra PDB er StarBiochem <ref name="StarBiochem"> StarBiochem: applikasjon som viser molekyler fra PDB. http://web.mit.edu/star/biochem/</ref> og Jmol<ref name="jmol"> Jmol: et open-source Java program for kjemiske strukturer i 3D. http://www.jmol.org/ </ref>. |
| − | Dataene ligger lagret som x-, y- og z-koordinater og annen informasjon om atomene. For eksempel hvilken struktur de tilhører, og om aminosyrene har ulike konformasjoner. Ved hjelp av dataprogram kan en dermed vise hvilke deler av proteinet man ønsker. |
||
== Strukturbestemmelsesmetoder == |
== Strukturbestemmelsesmetoder == |
||
Revisjonen fra 14. apr. 2009 kl. 09:34
(siden er under konstruksjon - om noen skulle lure på det)
Denne artikkelen er en del av litteraturprosjektet "Solving 3D structure of proteins, relation to nanotechnology" i emnet TFY4335 - Bionanovitenskap.
Innhold
Introduksjon
bakgrunn, historie
Hva menes med proteinstruktur?
Strukturen til proteiner blir gjerne inndelt i primær-, sekundær-, tertiær- og kvartærstruktur. Dette svarer henholdsvis til proteinets aminosyresekvens, repetitive konformasjoner utgjort av proteinets ryggrad, proteinets tre-dimensjonale atomstruktur og individuelle peptidkjeders orientering i forhold til hverandre <ref name="proteinstruktur"> P. Y. Bruice
Essential Organic Chemistry, Pearson Education Inc. 2006, pp. 448-456.</ref>. I denne artikkelen fokuseres det på proteiners tre-dimensjonale atomstruktur, og avdekking av disse. Her vil derfor begrepet proteinstruktur bli brukt synonymt med en tre-dimensjonal atommodell av proteinet.
Allerede kjente strukturer - The Protein Databank (PDB)
Protein databanken er en internasjonal databank bygget opp av forskere fra hele verden. Databanken oppdateres kontinuerlig, og inneholder nå strukturelle data for over 56000 proteiner og andre makromolekyler<ref name="pdb"> pdb: informasjon om pdb og databank for molekylene. www.pdb.org</ref>. Alle som ønsker data har gratis tilgang til databanken, men man må ha programvare for å analysere dataene. Dataene ligger lagret som x-, y-, z-koordinater og annen relevant informasjon om de ulike atomene. Dette kan for eksempel være konformasjoner for de ulike aminosyrene, eller hvilke molekyler de ulike atomene tilhører hvis strukturen består av flere molekyler. Ved hjelp av et dataprogram kan en dermed kikke nærmere ulike deler av strukturen en studerer og få en dypere forståelse av denne. Eksempler på dataprogram som kan lese filer fra PDB er StarBiochem <ref name="StarBiochem"> StarBiochem: applikasjon som viser molekyler fra PDB. http://web.mit.edu/star/biochem/</ref> og Jmol<ref name="jmol"> Jmol: et open-source Java program for kjemiske strukturer i 3D. http://www.jmol.org/ </ref>.
Strukturbestemmelsesmetoder
(hvilke er de mest brukte metoder)
(nevne kjapt metoder som ikke gjennomgås her)
Røntgenkrystallografi
Nukleær-magnetisk resonnans (NMR)
Relevans for nanoteknologi
Proteiners interaksjon med nanostrukturer
Proteinstrukturer som byggeblokker
Design av legemidler
Relevante sider
Lenker
- [zzz]
Kilder
<references/>
